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1.？？？？？ Yanzhen Gao, Jing Xing, Zheng Wei, Jie Ma, Xiaozhen Bao and Peiheng Zhang, STrieGD: A Sampling Trie Indexed Compression Algorithm for Large Scale Gene Data, NPC 2018: 15th Annual IFIP International Conference on Network and Parallel Computing, Muroran, Hokkaido, Japan, Nov. 28-Dec. 1, 2018

2.？？？？？ Hao Chi, Chao Liu, Hao Yang, Wen-Feng Zeng, Long Wu, Wen-Jing Zhou, Rui-Min Wang, Xiu-Nan Niu, Yue-He Ding, Yao Zhang, Zhao-Wei Wang, Zhen-Lin Chen, Rui-Xiang Sun, Tao Liu, Guang-Ming Tan, Meng-Qiu Dong, Ping Xu, Pei-Heng Zhang & Si-Min He, Comprehensive Identification of Peptides in Tandem Mass Spectra Using An Efficient Open Search Engine, Nature Biotechnology Volume 36, Pages 1059–1061 (2018). doi: 10.1038/nbt.4236

3.？？？？？ Zhang Peiheng, Bu Dongbo, Xiong Jin, & Tan Guangming (2016). Deep Sequencing Big Data Oriented Computing Model and Architecture Research. Science & Technology Innovation Herald.

4.？？？？？ Guangming Tan, Chunming Zhang, Wen Tang, Peiheng Zhang, Ninghui Sun, Accelerating Irregular Computation in Massive Short Reads Mapping on FPGA Co-processor. IEEE Transactions on Parallel and Distributed Systems ( Volume: 27 , Issue: 5 , May 1 2016 )

5.？？？？？ Tan, G., Zhang, C., Wang, W., & Zhang, P. (2015). Superdragon: A Heterogeneous Parallel System for Accelerating 3D Reconstruction of Cryo-electron Microscopy Images. ACM Transactions on Reconfigurable Technology & Systems, 8(4), 1-22.

6.？？？？？ 湯文, 張春明, 譚光明, 張佩珩, & 孫凝暉. (2014). 基于定制協(xié)處理器的基因重測序加速技術(shù)研究. 計算機研究與發(fā)展, 51(9), 1980-1992.

7.？？？？？ Tang, W., Wang, W., Duan, B., Zhang, C., Tan, G., & Zhang, P., et al. (2012). Accelerating Millions of Short Reads Mapping on a Heterogeneous Architecture with FPGA Accelerator. IEEE, International Symposium on Field-Programmable Custom Computing Machines (Vol.282, pp.184-187). IEEE Computer Society.

8.？？？？？ Wang, W., Duan, B., Tang, W., Zhang, C., Tang, G., & Zhang, P., et al. (2012). A Coarse-Grained Stream Architecture for Cryo-electron Microscopy Images 3D Reconstruction. ACM/SIGDA, International Symposium on Field Programmable Gate Arrays, FPGA 2012, Monterey, California, Usa, February (pp.143-152). DBLP.

9.？？？？？ Wang, W., Tang, W., Li, L., Tan, G., Zhang, P., & Sun, N. (2012). Investigating Memory Optimization of Hash-index for Next Generation Sequencing on Multi-core Architecture. Parallel and Distributed Processing Symposium Workshops & Phd Forum (Vol.18, pp.665-674). IEEE.

10.？？ Li, L., Li, X., Tan, G., Chen, M., & Zhang, P. (2011). Experience of parallelizing cryo-EM 3D reconstruction on a CPU-GPU heterogeneous system. ACM International Symposium on High PERFORMANCE Distributed Computing, HPDC 2011, San Jose, Ca, USA, June (pp.195-204). DBLP.

11.？？ 李興建, 李臨川, 譚光明, & 張佩珩. (2011). 冷凍電鏡三維重構(gòu)在cpu-gpu系統(tǒng)中的并行性. 華中科技大學(xué)學(xué)報:自然科學(xué)版, 39(z1), 115-119.

12.？？ Wang, W., Duan, B., Zhang, C., Zhang, P., & Sun, N. (2010). Accelerating 2D FFT with Non-Power-of-Two Problem Size on FPGA. International Conference on Reconfigurable Computing and FPGAs (pp.208-213). IEEE Computer Society.

13.？？ Wang, W., Zhang, P., & Liu, X. (2009). Short Read DNA Fragment Anchoring Algorithm. BMC Bioinformatics, 10 Suppl 1(1), S17.

14.？？ Jiang, X., Liu, X., Xu, L., & Zhang, P. (2007). A Reconfigurable Accelerator for Smith–Waterman Algorithm. Circuits & Systems II Express Briefs IEEE Transactions on, 54(12), 1077-1081.

15.？？ Zhang, P., Tan, G., & Gao, G. R. (2007). Implementation of the Smith-Waterman Algorithm on a Reconfigurable Supercomputing Platform. International Workshop on High-Performance Reconfigurable Computing Technology and Applications, HPRCTA 2007, held in Conjunction with Sc07, Reno, Nevada, USA, November (pp.39-48). DBLP.

16.？？ Jiang, X., Zhang, P., & Liu, X. (2007). Survey on Index Based Homology Search Algorithms. The Journal of Supercomputing, 40(2), 185-212.

17.？ 張楠, 張佩珩, 劉新春, & 江先陽. (2006). 基于FPGA的DDR SDRAM控制器設(shè)計與實現(xiàn). 計算機工程與應(yīng)用, 42(24), 87-90.

18.？？ 吳冬冬, 楊曉君, & 張佩珩. (2006). 一種FPGA的遠程系統(tǒng)升級方法. 計算機工程與應(yīng)用, 42(18), 86-88.

19.？？ 江先陽, 劉新春, 張佩珩, 孫凝暉, & 徐志偉. (2006). 計算密集型體系集成ddr sdram控制器設(shè)計. 計算機工程與科學(xué), 28(3), 96-97.

20.？？ Lin, X., Zhang, P., Bu, D., & Feng, S. (2005). To Accelerate Multiple Sequence Alignment Using FPGAs. Eighth International Conference on High-Performance Computing in Asia-Pacific Region (pp.5 pp.-180). IEEE.

21.？？ Liu Xinchun, Zhang Peiheng, & SUN Ninghui. (2005). The Architecture of A Specific Chip for RNA Secondary Structure Prediction. Journal of Electronics (China), 22(3), 281-287.

22.？？ 高文學(xué), 劉濤, 張佩珩, & 孫凝暉. (2005). 總線式通用串行總線復(fù)用器. 科學(xué)觀察(4), 39-39.

23.？？ 羅海勇, 朱珍民, 郭俊波, 王非, 崔鳳江, & 張佩珩等. (2005). 龍芯-1號cpu的網(wǎng)絡(luò)計算機硬件系統(tǒng)設(shè)計及實現(xiàn). 計算機工程, 31(14), 57-58.

24.？？ 楊曉君, 張佩珩, 苗彥超, 孫凝暉, & 郭黎利. (2005). 系統(tǒng)域網(wǎng)絡(luò)適配器設(shè)計. 計算機研究與發(fā)展, 42(6), 958-964.

25.？？ Yang, X., Zhang, P., Miao, Y., Sun, N., & Guo, L. (2005). Design of System Area Network Adapter. Journal of Computer Research & Development, 42(6), 958-964.

26.？？ Lin, X., Zhang, P., Bu, D., & Feng, S. (2005). To accelerate multiple sequence alignment using FPGAs. Eighth International Conference on High-Performance Computing in Asia-Pacific Region (pp.5 pp.-180). IEEE.

27.？ 張佩珩, 劉新春, & 江先陽. (2005). 一種面向生物信息學(xué)的可重構(gòu)加速卡的設(shè)計與實現(xiàn). 計算機研究與發(fā)展, 42(6), 930-937.

28.？？ Yang, X., Guo, L., Zhang, P., & Sun, N. (2004). Design of System Area Network Interface Card Based on Intel IOP310. Embedded Software and Systems. Springer Berlin Heidelberg.

29.？？ 安學(xué)軍, 張佩珩, 高文學(xué), & 吳冬冬. (2003). 基于ux8交換芯片的機群互連網(wǎng)絡(luò)設(shè)計. 微電子學(xué)與計算機, 20(7), 43-47.

30.？？ 張佩珩, 安學(xué)軍, & 高文學(xué). (2003). 面向機群互連網(wǎng)絡(luò)的智能網(wǎng)卡設(shè)計. 計算機工程與應(yīng)用, 39(28), 148-150.

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【專利】

1.？？？？？ 一種光神經(jīng)元結(jié)構(gòu)和包含該結(jié)構(gòu)的神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)處理系統(tǒng)，已公開，CN201811532813，臧大偉、陳燦、劉元卿、沈華、譚光明、張佩珩、孫凝暉

2.？？？？？ 一種針對基因數(shù)據(jù)的取樣字典樹索引的壓縮方法和系統(tǒng)，已公開，CN201811427459，高艷珍、包小圳、邢晶、魏征、霍志剛、馬捷、張佩珩

3.？？？？？ 一種用于可調(diào)諧光裝置的控制裝置與方法，已公開，CN201810795776，元國軍、李璐、范日召、譚光明、孫凝暉、王展、邵恩、楊帆、臧大偉、張佩珩

4.？？？？？ 一種用于光網(wǎng)絡(luò)的拓撲重構(gòu)控制方法，已公開，CN201710767900，張少龍、郭嘉梁、元國軍、許剛、肖鵬、張佩珩

5.？？？？？ 使能單根I/O設(shè)備多根共享的適配裝置、系統(tǒng)及方法，已授權(quán)，CN201510751898，曹政、劉小麗、臧大偉、王展、安學(xué)軍、張佩珩、孫凝暉

6.？？？？？ 一種基于網(wǎng)卡直連的全互連通信方法及裝置，已授權(quán)，CN201510427329，安學(xué)軍、李強、曹政、劉小麗、安仲奇、霍志剛、張佩珩

7.？？？？？ 一種面向高維度網(wǎng)絡(luò)的路由器及路由方法，已授權(quán)，CN201410319245，邵恩、曹政、劉小麗、劉小兵、安學(xué)軍、張佩珩、譚光明、孫凝暉

8.？？？？？ 一種集成網(wǎng)絡(luò)路由器的眾核處理器系統(tǒng)及其集成方法和實現(xiàn)方法，已授權(quán)，CN201410302494，曹政、李強、劉小麗、劉小兵、安學(xué)軍、張佩珩、孫凝暉、邵恩

9.？？？？？ 一種支持I/O功能動態(tài)分配的虛擬熱插拔系統(tǒng)及其工作方法，已授權(quán)，CN201310697592，曹政、臧大偉、王展、劉小麗、安學(xué)軍、張佩珩

10.？？ 一種基板多芯片集成的大端口互連類芯片及實現(xiàn)方法，已授權(quán)，CN201310298425，沈華、曹政、孫凝暉、張佩珩、元國軍、安學(xué)軍、游定山、楊佳、解利偉

11.？？ 實現(xiàn)分布式I/O資源池化的方法及裝置，已授權(quán)，CN201310240608，劉小麗、曹政、金堰安、安學(xué)軍、張佩珩、孫凝暉、王展

12.？？ 一種基于PCIe數(shù)據(jù)交換的通信方法及系統(tǒng)，已授權(quán)，CN201310038675，孫凝暉、曹政、劉小麗、安學(xué)軍、張佩珩

13.？？ 一種用于多根共享系統(tǒng)的I/O重映射方法和裝置，已授權(quán)，CN201210172844，劉小麗、曹政、張佩珩、安學(xué)軍、孫凝暉、王展、蘇勇、劉飛龍

14.？？ 一種用于多根共享系統(tǒng)的直接I/O虛擬化方法和裝置，已授權(quán)，CN201210171920，曹政、劉小麗、張佩珩、安學(xué)軍、孫凝暉、王展、蘇勇、劉飛龍

15.？？ 用于多根I/O 虛擬化共享系統(tǒng)的I/O 資源管理方法，已授權(quán)，CN201210160593，劉小麗、曹政、安學(xué)軍、張佩珩、孫凝暉、王展、蘇勇

16.？？ 多根I/O虛擬化共享方法和系統(tǒng)，已授權(quán)，CN201210153862，曹政、劉小麗、安學(xué)軍、張佩珩、孫凝暉、王展、蘇勇、劉飛龍

17.？？ 一種支持單根IO虛擬化用戶級接口控制裝置及其方法，已授權(quán)，CN201210096454，曹政、劉飛龍、劉小麗、安學(xué)軍、張佩珩、孫凝暉

18.？？ 具有硬件加速功能的智能以太網(wǎng)卡，已授權(quán)，CN200510135496，吳冬冬、張佩珩、孫小涓、楊衛(wèi)兵

19.？？ 一種多IO擴展接口的服務(wù)器主板裝置，已授權(quán)，CN200510066315，解利偉、胡鵬、劉濤、張佩珩、孫凝暉

20.？？ 一種片上系統(tǒng)，已授權(quán)，CN200410096178，劉新春、張佩珩、江先陽、李曉民、孫凝暉

21.？？ 長距離視頻圖形陣列信號傳輸裝置，已授權(quán)，CN200410042720，張佩珩、劉濤、孫凝暉、吳冬冬、魯常紅、錢宇輝

22.？？ 基于雙8b/10b編碼器的16b/20b編碼器邏輯實現(xiàn)方法，已授權(quán)，CN200410002290，高文學(xué)、安學(xué)軍、楊曉君、苗彥超、吳冬冬、張佩珩